Une première basilique est fondée par Clovis au début du VI^e siècle et dédiée aux apôtres Pierre et Paul. Sainte Geneviève y sera enterrée aux côtés de Clovis et Clotilde en 512. Le vocable de sainte Geneviève s'imposera dès le IX^e siècle désignant à la fois la basilique et l'abbaye bénédictine qui se développe autour. Détruite par les invasions barbares aux IX^e X^e siècles l'abbaye ne sera reconstruite qu'au XII^e siècle. Des chanoines réguliers de saint Augustin viendront s'y installer à la demande de Suger, abbé de Saint-Denis. Le 10 octobre 1634, l'abbaye fut nommée maison-mère de toutes les maisons de chanoines réguliers établies en France et englobées désormais dans la congrégation de France (Génovéfains).